Одной из наиболее острых экопроблем Краснодарского края является загрязнение Чёрного моря. В водный объект попадают загрязнённые стоки, бытовой и промышленный мусор. В 2019 году специалисты РАН обнаружили в Чёрном море целые мусорные острова из пластика, стеклянных бутылок, алюминиевых банок, рыболовных снастей. А в 2001 году здесь каждые триста-четыреста метров плавали брошенные надувные матрасы, круги и другие нетонущие предметы. Ситуацию усугубляют аварии, происходящие в акватории Чёрного моря. В их числе нефтяные утечки и разливы топлива, загрязнение угольной пылью и так далее.
Ещё одна серьёзная проблема Кубани – переполненные мусорные полигоны. Несколько легальных объектов уже закрыты, так как исчерпали свои мощности. В ближайшее время их рекультивируют, а в крае построят заводы по переработке мусора. Однако пока свозить отходы региона некуда. Не меньшее негативное влияние оказывают и незаконные свалки, численность которых сейчас составляет более ста.